Esercizio in R: ContaMotif(dna)

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ki4rett4
Nuovo Arrivato

35 Messaggi

Inserito il - 03 marzo 2011 : 13:15:59

Buongiorno ragazzi domani dovr� sostenere l' esame orale di informatica....Spero che qualcuno possa correggermi questo esercizio di programmazione in R:

Scrivere una funzione contaMotif(dna) che prende in input una sequenza di dna rappresentata come un vettore di caratteri: "A","T","C","G" e restituisce il numero di occorrenze del motif:
GC[T]T(1,2)A all' interno della sequenza.
Si ricorda che:
-Le parentesi quadre racchiudono le basi che possono comparire in quella posizione
-Le parentesi graffe racchiudono le basi che non possono comparire in quelle posizioni
-Il punto . equivale a [ATGC], cio� che in tale posizione pu� comparire qualsiasi base
-Le parentesi tonde indicano l' intervallo di basi qualsiasi che possono comparire in tali posizioni

Io l' ho risolto in questo modo:

contaMotif <- function ( dna ) {
contatore <- 0
indiceMax1<- length ( dna ) - 6
indiceMax2<- length(dna)-5
for ( i in c ( 1 : indiceMax1 ) ) {
if (dna [ i ] == "G" & dna[i+1]=="C" & dna[i+2]=="T" & dna[i+3]=="T" & dna[i+6]=="A"){
contatore<-contatore+1
}
}
for(i in c(1:indiceMax2)){
if(dna [ i ]== "G" & dna[i+1]=="C" & dna[i+2]=="T" & dna[i+3]=="T" & dna[i+5]=="A"){
contatore <- contatore + 1
}
}
return ( contatore )
}

Il problema � che quando considero che il motif � lungo 7,mi conta correttamente....quando considero che � lungo 6, mi dice che c' � qualche errore.
Il motif pu� essere lungo o 6 o 7 proprio perch� in posizione 5 possono esserci o 1 o 2 basi!! Spero che qualcuno riesca a capire dov' � l' errore visto che domani il prof. me lo far� sicuramente eseguire all' esame!
Grazie mille anticipatamente a tutti!!

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 03 marzo 2011 : 14:07:05

Ti d� errore perch�

dna[i+6]

va a leggere dna[7] quando i=1. Se la sequenza � di 6bp, dna[7] non esiste.

Dovresti quindi avere un controllo sulla lunghezza della stringa.

PS: come ho gi� detto in passato questa � una delle soluzioni pi� inefficienti di risolvere questo tipo di problemi e -semmai ti ritrovassi a dover risolvere un problema del genere in una situazione reale- dovresti evitare assolutamente questo tipo di approccio, molto prono ad errori.

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