Bioinformatica e Web 2.0

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13 febbraio 2008 - 11:45

Una biblioteca di PDF scientifici (per Mac ma non solo)

Fabrizio Capuani mi segnala Papers, interessante software, per mantenere e gestire le proprie collezioni di articoli.

Essendo solo disponibile per Mekentosjani, non l’ho potuto testare, quindi spero in qualche altra opinione. Personalmente, come fervente utilizzatore di Windows, ho sempre fatto ricorso ad Endnote. Endnote si differenzia da Papers per la capacità di integrarsi con Word e facilita non poco la scrittura delle citazioni bibliografiche. Però non è pensato per gestire una collezione di pdf, ma solo per collezionare i metadati necessari per creare un database bibliografico.
Naturalmente è possibile inserire il pdf stesso dell’articolo in un folder e linkarlo adeguatamente in Endnote, ma non è un’operazione così immediata, e questo non permette comunque di fare ricerche nei contenuti dei file.

Paper, anch’esso si connette al web e scarica le reference (autore, titolo, giornale, anno di pubblicazione), ma li associa allo stesso pdf. Citando la descrizione originale del software:

Papers contains everything you need to get your favorite articles in your personal library. Importing PDFs that you already downloaded before is easy, you match them using your favorite online article repository like PubMed, Google Scholar, Web of Science, etc. and all the metadata is automatically added. You might as well skip this altogether and start from scratch, the completely integrated search engines is the number one thing you are really going to like. Three clicks is all you need to find a paper and add it to your library.

Fabrizio sintetizza la cosa in “Praticamente e’ iTunes per articoli scientifici. Unico neo e’ che non e’ gratis… si puo’ pero’ provare per 30 giorni“. Paper puo’ esportare una collezione (tipo playlist) in formato Endnote, ma anche in formato bibtex!

L’alternativa è quella di sfruttare l’opzione “Adobe Catalog“. Con esso è possibile indicizzare TUTTO il documento pdf e creare quindi un database cercabile per qualsiasi parola anche nel testo o nei materiali e metodi. E’ possibile inoltre fare
diversi database di articoli per argomenti o gruppi.

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Tags: Bibliografia, bioinformatica, Letteratura scientifica, Mac, Pdf
  • mattions - 13 febbraio 2008 # 1

    Si integra con Word?

    Word?

    Windows?

    funny. :)

    Word? No, ma dai davvero?

    Word, nome omen.

    Se ne scrivi due crasha :P

  • nico - 14 febbraio 2008 # 2

    Hmmm interessante, magari ci darò un occhio, anche se su Mac ricordo che esiste anche Endnote….
    Detto questo, odio Endnote (sarà che l’ho usato solo su Mac e Mac + Word = crash)! :P

    Al momento sto scrivendo la mia tesi sotto Linux con OpenOffice + Bibus ( http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page ) e devo dire che è molto più leggero di EndNote.

  • Alessandra - 14 febbraio 2008 # 3

    secondo me queste cose fanno solo perdere tempo. cordiali saluti bill e tom fur immer!!

  • nico - 14 febbraio 2008 # 4

    Beh, evidentemente non hai mai scritto un articolo o una tesi… scriversi la bibliografia e mettere le referenze a mano è più o meno un suicidio…

  • Giuliano652 - 14 febbraio 2008 # 5

    E per Linux niente?

  • fuliggians - 14 febbraio 2008 # 6

    linux…. ummmm…..

  • nico - 15 febbraio 2008 # 7

    Leggi il mio commento sopra Giuliano!!!! :P

    Bibus + OO

  • mattions - 15 febbraio 2008 # 8

    LaTeX!!!!!!!!!

    Poi referencer http://icculus.org/referencer/, se non avete tutti i paper su citeULike e non potete esportare il bibTex automaticamente :P

    Saluti.

  • domi84 - 15 febbraio 2008 # 9

    Ma a nessuno piace zotero?! (va bene anche su linux, con firefox e openoffice).
    O i software che segnalate voi fanno cose diverse?
    Io poco tempo fa ho usato zotero per la tesi…comodissimo!!!
    (Ringrazio ancora dallolio che lo segnalò tempo fa)

  • fuliggians - 19 febbraio 2008 # 10

    il buon Dawe segnala questa altra opportunità, molto geek:
    http://sciencesampler.blogspot.com/2007/04/organizing-pdf-papers-in-your-computer.html

  • Luigi - 17 marzo 2008 # 11

    Ciao a tutti volevo consigliare a tutti i possessori di MAC ipapers http://ipapers.sourceforge.net/iPapers.html ciao a tutti Luigi

  • fla - 30 agosto 2012 # 12

    Un articolo che parla di papers scientifici in cui poi si legge di Windows e Word? Dafuq did I just read???

 

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