Salve a tutti, e' da un po' di tempo che ho un'idea in mente. Nella rete italiana esiste un'opera libera di immenso valore, chiamata 'Appunti di Informatica Libera' (http://a2.pluto.it), che rappresenta la bibbia per tutti coloro che vogliono avvicinarsi al mondo dell'informatica e del software libero. Ora pensavo: perche' non scriviamo qualcosa del genere anche per la bioinformatica? A me vengono in mente un paio di punti a favore: - nel nostro Paese questa disciplina e' molto poco conosciuta e oscura alla maggior parte della gente che fa ricerca, sebbene all'estero sia molto piu' riconosciuta; - a parte questo sito e pochi altri, non e' facile trovare appunti su questa materia; - Tutta la bioinformatica e la ricerca si fa con software libero (piu' o meno) e con sistemi Unix, o perlomeno uno scienziato che sia in grado di utilizzare questi strumenti puo' ottenere grandi vantaggi; - Potrebbe essere un sistema per integrare anche le altre ML/forum/NG sparse unpo' per Internet!
Io potrei iniziare mettendo a disposizione alcuni appunti che mi sono scritto studiando in Spagna e forse potrei scrivere qualche articolo sui motori di ricerca. Fatemi sapere!!
Penso però che la bioinformatica, in senso lato, sia un argomento ben più vasto di quanto non lo sia il discorso sul software libero in sè. Secondo me occorre una pianificazione ben definita di ciò che si vuole proporre e del target verso cui sarà rivolto questo lavoro.
Io, nel mio piccolo, sto imparando a fare docking...
non ho nessuna base di bioinfo quindi per me è aramaico. però volevo tanto fare un master in bioinfo che poi non è stato più attivato. Detto e precisato questo-quindi non vi sarò utile se non come sostegno morale e fruitrice una volta fatto tuuuuttto il lavoro-mi sento di scrivervi che questa sarebbe idea super geniale,dato che credo possa avere grande interesse sia per chi se ne intende a pacchi sia per chi magari non è proprio del mestiere ma potrebbe avere bisogno di sapere o utilizzare qualcosa,e ho sentore che sempre più ci sarà bisogno di capirci qualcosa di questa materia. Ovviamente dato il mio background pari a zero meno meno mi sentirei di chiedervi di rendere il tutto,per quanto poi sarà possibile-[immagino che oltre un certo livello o si è bioinfo o non si possa capire tutto]-abbastanza accessibile anche alle menti meno competenti.Sarebbe veramente una cosa utile e interessante!!!
Bene, innanzitutto grazie mille per il supporto!! ok adesso piano piano (), vedo se riesco a scrivere qualcosa questo fine settimana, così vi posso far vedere come ho in mente di organizzarli.
Provo a rispondere brevemente:
Citazione:Messaggio inserito da KORdA Io, nel mio piccolo, sto imparando a fare docking...
Dai, va benissimo!!
Citazione:Messaggio inserito da fpotpot mi sentirei di chiedervi di rendere il tutto,per quanto poi sarà possibile, [...] abbastanza accessibile anche alle menti meno competenti.
Certo sarebbe proprio quello l'obiettivo e hai fatto bene a chiederlo. Naturalmente adesso pero' ti utilizzeremo come cavia...
Pero' a dire la verita' non e' proprio molto facile iniziare!! Non so nemmeno con che programma scrivere... OpenOffice? un editor HTML? E poi, non e' che qualcuno qui ha un po' di conoscenza su Licenze libere e cose del genere? ciao!
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
L'idea è sicuramente buona, anzi ottima. Non ho ancora raggiunto l'adeguata "santità bioinformatica" per poter scrivere una bibbia, però potrei usare altri metodi molto persuasivi per convertire i miscredenti alla bioinformatica A parte gli scherzi, senza voler smontare tutto, vorrei far notare che è da valutare bene bene la faccenda "licenze&Co".
Citazione:Tutta la bioinformatica e la ricerca si fa con software libero (piu' o meno)
Non so quanto sia vero, per la mia esperienza molti programmi sono sotto licenza, molti sono ad accesso libero soltanto per quanto riguarda la ricerca (universitaria) senza scopo di lucro, mentre vengono pagati profumatamente dalle società private. Di conseguenza anche manuali et similia potrebbero avere un simile trattamento. Per cui bisogna fare attenzione agli argomenti che andrebbero trattati... Insomma concordo con Korda
Citazione:Secondo me occorre una pianificazione ben definita di ciò che si vuole proporre e del target verso cui sarà rivolto questo lavoro.
Detto questo, io ci sono. Per ora ho fatto solo docking e rimaneggiamenti vari ed eventuali a simpatiche macromolecole in 3D. Volendo anche qualcosina su algoritmi per la bioinformatica Byee Simo
...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza...
Ciao, sono di padova. Sto cercando di interessarmi di bioinformatca. Sono capitato ul tuo sito tramite google. Verrei sapere se potete aiutarmi. Sono laureato in ingegneria, ed attualmente lavoro in banca. Se volessi interessarmi di bioinformatica, che cosa mi potreste consigliare? seguire un master?fare un corso universitario (se esistono che non facciano spendere 4000 euro senza sapere x quale motivo), interessarmi per i fatti miei su dei testi? grezie in anticipo. se volete una mano per il progetto di mettere sul web gli appunti fatemelo sapere, ci lavoro su ste cose, posso darvi una mano. PS. vorrei interessarmi di bioinformatica perchè ho fatto un esame su questo campo quando ero all'università. Mi affascinò, mi ricordo. Inoltre il mio progetto di vita non contempla passare 8 ore del resto della mia vita a far quadrare i conti ad una banca. Mi hanno consigliato per intanto di iniziare con Principi di Bioinformatica, Attimonelli M., Pesole G cosa ve ne pare? A vs completa disposizione ciao. AlexB
un master credo sia una buona cosa, e tu essendo già ingegnere (e quindi con una solida base matematica ed informatica) ne risulterai sicuramente avvantaggiato
Intanto sto provando a scrivere un piccolo articolo sui motori di ricerca e l'indice dovrebbe essere all'incirca cosi':
Piano dell'opera (piano di battaglia!!):
- Introduzione (perche' i motori di ricerca generali, etc..)
- Motori Generali:
- Utilizzo avanzato di Google:
- query semplici
- operatori + e -
- tags:
-define
-intitle?
- parole utili per la ricerca bioinformatica
- database
- tutorial
- mechanism
- google da shell
- links -source / script in perl per inserire definizioni da vim
- Dmoz (lo metto qui?)
- Dogpile e metacrawler
- Spiegazione dell'utilita' dei webcrawler
- esempi
- Clusty.com
- Spiegazione su clusty e vivissimo
- ricerca via mail (iliad, agora), + consigli per chi ha una connessione a consumo
- Ricerca sulle ML:
- come trovare ML
- Ricerca su Usenet:
- it.scienza
- gerarchia sci.*
- Ricerca sui Forum:
- Molecularlab.it!
- Siti importanti
- Links per approfondire:
- searchlores.org
- a2.pluto.it (app. informatica libera)
- molecularlab.it
Pensate che manchi qualcosa? Sono un po' indietro perche' mi hanno rubato il cellulare e mi e' toccato perdere un po' di tempo a fare la denuncia!! Per il resto, se qualcuno ha esperienza di licenze o di siti web, sicuramente verra' invischiato!! ciao!
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Bello bello, mi piace e credo che l'indice sia ottimo cosi, poi volendo si fa sempre in tempo ad aggiungere! Se hai bisogno per mettere tutto in HTML (o php asp etc) fai un fischio!
Denk iou!! (Thank you alla Biscardi)! ok io pero' voto per il php piu' che per l'asp (al massimo python sp). Secondo me l'ideale sarebbe un wiki (si potrebbe trovare qualche cms gia' pronto da qualche parte)
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http://www.cmswiki.com/tiki-index.php?page=WikiSystems I wiki sono una gran bella idea, se si ha un numero sufficiente di persone a seguirli e aggiungere pagine-info. Noi ne abbiamo uno (non opera mia) per tutti gli utenti del cluster su cui lavoriamo in laboratorio ed è in effetti una grande risorsa, anche se fino ad ora io l'ho soltanto vampirizzata...
anche a me sembra una bellissima idea, mi offro per collaborare, per quel poco che posso!
purtroppo per il php non posso aiutare, conosco un po' ASP, smanetto con vari forum (nel senso che li amministro), e ho una conoscenza basale di python (ci ho fatto il tirocinio della laurea triennale).
Per quanto riguarda conoscenze bionformatiche / appunti per python in italiano posso mettere a disposizione un tutorial e la mia tesina triennale, se può serivire...(il titolo era "Sviluppo e analisi di un metodo combinato per la ricerca di omologhi remoti in database di sequenze proteiche" sostanzialmente un utilizzo incrociato di rps-blast e psi-blast per ricercare proteine che hanno strutture simili pur avendo poca omologia di sequenza)
WOW! Non appena l'ho letto non ho potuto fare a meno di metterlo in Evidenza!!
Se avete bisogno di una mano, fatemi un fischio.. Per ora il materiale che trovate sul sito è basato su delle esperienze di laboratorio.. che poi coincidono con quelli di un libro..
Proviamo a buttare giù qualche idea di come potrebbe essere strutturato il tutto?
Riky
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Aggiungerei qualche riga per un' api per me molto utile: filetype. Fai pure taglia/incolla se vuoi :
Con l'API filetype è possibile restringre la ricerca a una sola tipologia di file. Ad esempio la stringa "ovulazione filetype:pdf" darà come risultato tutti i documenti in formato PDF che trattano l'ovulazione. E' anche possibile usare l'estensione doc per i file in formato Word. Un trucco semplice, se stimamo cercando materiale didattico, è quello di usare "filetype:ppt", in questo modo restingiamo la ricerca a solo a presentazioni in powerpoint che in genere sono slide proietate durante le lezioni.
ok, va bene, adesso pero' a malincuore devo partire in 'spedizione' per una conferenza in un luogo sperduto qui vicino a Bologna, quindi prob. non potro' navigare su Internet per un po' (argh!! ). Quando torno provo a mettere su un wiki (se intanto qualcuno vuole dare un'occhiata, si parte da questa tavola: http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_wiki_software e pensavo di usare PMWiki o MoinMoin (in python)).
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Finalmente ho avuto tempo di leggere il doc e mi sembra ottimo. EDIT: nella sezione operatori + e - parli solo del -!
Per il Wiki direi che PM Wiki e' perfetto (soprattutto perche' e' in PHP che io amo tanto!).
Domandona: dove si hosta il tutto? Io posso donare spazio sul mio sito, posso fare un subdomain volendo (es. bioinformatics.nico.e2uhosting.net, anche se non e' proprio comodissimo da scrivere).
Allora, sto provando PMWiki, mi sembra veramente interessante e mediamente facile da usare. Ho visto che esiste anche una (parziale) traduzione in italiano, che non sarebbe niente male.
Bhè, se volete si può metterlo qui, su questo sito... così da avere "tuch ensema" (tutto insieme detto alla milanese..): ovvero visto che di gente ne passa qui... e visto che la sezione Bioinformatica, contiene già buoni spunti (ad esempio un ottima guida nell'uso avanzato di PubMed), si potrebbe unificarli insieme..
La domanda è... dove lo mettiamo: all'interno della didattica>bioinformatica oppure sotto la community ?
Riguardo allo schema... va bene.. però intodurrei più elementi di bioinformatica.. Nella sezione di cui sopra ho queste parti Ricerca Banca Dati
* Ricerca in banca dati, Enrez, SRS
Ricerca per sequenza
* Ricerca per similaritá BLAST, FASTA
Browser Genomici
* I Browsers Genomici: EnsEMBL, Genome Browser
Predizione geni
* Predizione di geni:Gensan, Genomescan.
Struttura gene, Espressione e RepeatMasker
* Analisi della struttura di un gene mediante confronto con il trascritto: Spidey. * Verifica dell´espressione di un gene mediante la banca dati EST. * Mascheramento di regioni ripetute: RepeatMasker
Comandi Linux
* Telnet e i principali comandi linux
Blast da comando e FormaDB
* Un editor di testo per linux: joe * Eseguire un blast da linea di comando: blastall * Indicizzare una banca dati per un blast in locale: formatdb
Analisi proteica da programmi gene finding
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In realtà si... però per me l'ideale sarebbe utilizzare un wiki ASP, così da poterlo ben integrare nel sito, soprattutto per quanto riguarda l'iscrizione al wiki/forum... che sarebbe condivisa..
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[Progetto] Appunti di bioinformatica (libera?)
Guide tools online
Inserito il - 09 marzo 2006 : 11:37:56
-mi sento di scrivervi che questa sarebbe idea super geniale
), vedo se riesco a scrivere qualcosa questo fine settimana, così vi posso far vedere come ho in mente di organizzarli.
