Il progetto incomincia con la sequenza delle proteine del genoma umano. Queste sequenze proteiche sono il risultato di un grosso numero di ricerche e del progetto genoma umano. Il miglior obiettivo del World Community Grid è trovare tutte le strutture delle proteine del Genoma Umano, con un misto di contibuti sperimentali e computazionali. Grazie al tempo inusato del tuo computer, daremo una forma delle proteine nel proteoma umano che non hanno ancora una stuttura (e spesso nemmeno una funzione).
Necessita la connessione solo alla fine dell'analisi dell'unità di dati.
La predizione di stuttura è effettuata da Rosetta, che usa funzioni per dare un punteggio alle possibili strutture di una data sequenza, scegliendone la migliore.
Siccome c'è un un gran numero di conformazioni possibili per una sequenza, ed un grande numero di sequenze, abbiamo bisogno di una astronomica quantità di potenza di calcolo per il folding del proteoma umano.
Il World Community Grid userà il calcolo distribuito di una vasta quantità di volontari a cui daremo più di 50.000 sequenze da dover essere analizzate da Rosetta.
Grazie al programma otteniamo una o più predizioni per ciascuna proteina. Non tutte le predizioni funzionano, così ad ogni predizione sarà associato una probabilità di affidabilità.
Incroceremo poi, le strutture predette con un grande database di strutture conoscite (da cristallografia ai raggi-X e per spettroscopia NMR), per vedere se le nostre predizioni o parte di esse sono già presenti.
Se troviamo un riscontro, siamo all'inzio. In un contesto biologico questo è molto importante, i biologi usano diversi esperimenti e tecniche analitiche per portare avanti il loro lavoro. Ci sono diversi metoti per provare ad ottenere la funzione di una proteina, e sapere la sua struttura è uno di questi... I biologi, possono usare le migliori di queste predizioni di struttura (fino a 4) e analoghi di struttura (fino a 5) poi provano ad integrare i risultati insieme ad altre evidenze speriementali.
