Tecnica che permette di separare frammenti di acido nucleico, in funzione del peso molecolare.
Frammenti di DNA, carichi negativamente per i residui di fosfato, in un campo elettrico tendono ad andare verso il polo positivo. Usando una griglia molecolare costituita da agarosio (o acrilammide se si vuole ottenere una maggiore risoluzione -usata nel sequenziamento-) lasciato polimerizzare (l'agarosio si scioglie in acqua con temperature sopra i 70°C, raffreddandosi polimerizza), i frammenti passano attraverso di essa. Più sono grandi e pesanti e più fanno fatica restando indietro rispetto a frammenti più piccoli che passano più velocemnte tra le maglie.
La visualizzazione è garantita da sostanza intercalanti, come l'etidio di bromuro, che sono fluorescenti se esposte ai raggi UV. L'uso d un ladder (una serie di frammenti a dimensione nota), mi permette per confronto di avere informazioni sulle dimensioni dei frammenti.
L'elettroforesi è una tecnica che si applica sia con DNA che con RNA, sia a singolo che doppio filamento.
Variando la concentrazione di agarosio ottengo maglie più o meno fitte, da usare in funzione della dimensione del frammento (più è piccolo e più migra velocemente) e se si tratta di un frammento ds o ss.

L'elettroforesi capillare è una elettroforesi che viene eseguita su una colonna similmente ad una cromatografia.

Tecniche simil-derivate:
SDS-Page
Notehrn Blot
Western Blot
Southern Blot

Ulteriori informazioni sulla Elettroforesi e tecniche derivate nella sezione Tecniche, in Laboratorio