La nuova metodologia produce risultati molto simili alle tecniche convenzionali, ma con un costo inferiore e con una risoluzione potenzialmente più alta Nell’ambito di una collaborazione internazionale, ricercatori statunitensi e svizzeri hanno sviluppato strumenti matematici e statistici per ricostruire popolazioni virali, utilizzando il pirosequenziamento, una nuova tecnica per il sequenziamento del DNA. Lo riferisce l’ultimo numero della rivista on line ad accesso libero “PLoS Computational Biology”.
Finora era noto come le letture frutto del pirosequenziamento fossero brevi e afflitte da frequenti errori, e gli scienziati hanno cercato di migliorarlo per molto tempo. Ora il nuovo processo sviluppato presso l’ETH di Zurigo ha dimostrato di poter diminuire il tasso di errore e di fornire informazioni in modo più veloce ed efficiente.

Il metodo è stato applicato a quattro popolazioni di HIV-1 ottenute da pazienti resistenti ai farmaci, che sono poi state confrontate con 165 sequenze ottenute direttamente mediante sequenziamento, per esempio per clonazione dagli stessi campioni.
“Queste nuove tecniche producono risultati molto simili alle tecniche convenzionali, ma con un costo inferiore e con una risoluzione potenzialmente più alta”, ha spiegato Niko Beerenwinkel dell’ETH, che ha partecipato allo studio.

La conoscenza della struttura genetica delle popolazioni virali è critica per proseguire la ricerca biomedica sulla progressione della malattia, sulla progettazione di vaccini e sulla resistenza ai farmaci.

L’abilità di stimare la struttura delle popolazioni virali mantiene la grande promessa di una nuova e più profonda comprensione dell’evoluzione virale e del controllo delle malattie.

Federico Cesareo

Inoltra:

Vota: